Muchas personas se han quejado de esto, y yo soy una de ellas, por que Google Chrome no tiene configuración independiente del proxy que el Internet Explorer ?
Bueno, si lo tiene, nada mas que no en la parte de configuración como seria lo lógico.
Lo que tienen que hacer, es hacer click derecho al acceso directo, en el campo "target" justo despues de la ultima " agregar alguna de las siguientes lineas con su configuración personal:
--no-proxy-server
--proxy-auto-detect
--proxy-bypass-urls=
--proxy-pac-url= (insert your url instead of "")
--no-proxy-user
--no-proxy-password
Por ejemplo, yo uso un script de automatización, entonces la linea queda algo como la que sigue (el link esta editado por un tema de seguridad).
"C:\Documents and Settings\blablabla\Google\Chrome\Application\chrome.exe" --proxy-pac-url=http://el.link.con.el.script.com/
Ahora ya pueden navegar con una configuración diferente a la del Internet Explorer !
Espero que les haya servido, para mi fue de gran utilidad.
Saludos.